3次公募 受付中

省エネ・非化石転換補助金とは?

複数の申請型・事業区分に分かれる複雑な制度です。行政書士法人クロノスが、自社に当てはまる区分の見分け方から申請の流れまでわかりやすくご案内します。

最終更新日: 2026.08.27|監修: 行政書士法人クロノス(代表社員 黒川光智)

どんな補助金?(制度概要)

省エネ・非化石転換補助金は、工場や事業場のエネルギー消費効率を高める設備や、化石燃料から電気・非化石燃料へ転換する設備の導入を支援する経済産業省 資源エネルギー庁の補助制度です。予算上の正式名称は「省エネルギー投資促進・需要構造転換支援事業費補助金」および「省エネルギー投資促進支援事業費補助金」で、令和7年度補正予算に基づき、一般社団法人環境共創イニシアチブ(SII)が執行団体として公募・審査・交付を行っています。

対象となる設備投資の規模や内容に応じて、工場・事業場全体で複数の設備をまとめて更新する「工場・事業場型」と、エアコンやボイラーなど個別の設備を更新・新設する「設備単位型」の2つの申請方式に分かれ、さらにそれぞれが複数の事業区分(申請枠)で構成されています。区分が多く複雑な制度であるため、この記事では自社に当てはまる区分の見分け方から、補助率・上限額、申請の流れまで整理してご紹介します。

項目内容
正式名称省エネルギー投資促進・需要構造転換支援事業費補助金/省エネルギー投資促進支援事業費補助金(通称:省エネ・非化石転換補助金)
所管経済産業省 資源エネルギー庁
執行団体一般社団法人環境共創イニシアチブ(SII)
対象者国内で事業活動を営む中小企業・大企業(要件あり)・個人事業主
補助上限額1億円〜20億円(申請型・事業区分により異なる。申請下限額は30万円〜100万円)
補助率1/5〜2/3(申請型・事業区分により異なる)
3次公募受付期間2026年8月20日〜9月28日17時必着

3次公募のポイント

省エネ・非化石転換補助金は2026年度、8月20日から9月28日まで3次公募を実施しています。過去の公募実績を踏まえていくつかの制度変更が行われており、特に中小企業や複数事業者による共同申請にとって使いやすくなった点が特徴です。

  • 工場・事業場型に、サプライチェーン上の4者以上が共同で設備更新計画を立案する「サプライチェーン連携枠」が新設されました
  • 設備単位型に、GX(グリーントランスフォーメーション)要件を満たすメーカーの設備を対象とする「GX設備単位型」(メーカー強化枠・トップ性能枠)が新設されました
  • 工場・事業場型の申請では、事業所全体の要件に加えて、更新する設備単位でも省エネ要件を満たすことが求められるようになりました
  • エネルギー需要最適化型(EMS導入)は、新たに事業を開始する新設の事業所や、既存事業所内の新しい製造ラインへの導入も対象になりました
  • 3次公募の交付決定は2026年11月下旬が予定されています

申請枠・区分の選び方

省エネ・非化石転換補助金で最初につまずきやすいのが、自社の設備投資がどの申請型・事業区分に当てはまるかという点です。大きく分けると、工場・事業場全体で複数の設備をまとめて更新する場合は「工場・事業場型」、エアコンやボイラーなど特定の設備だけを更新・新設する場合は「設備単位型」を検討します。まずは下の早見表で、自社の設備投資がどちらに近いかを確認してください。

こんな設備投資をお考えの方検討したい申請型・区分
工場・事業場全体で複数の設備を大規模に更新し、省エネ効果を大きく出したい工場・事業場型(先進枠・一般枠)
中小企業で、複数の設備をまとめて更新したい工場・事業場型(中小企業投資促進枠)
取引先など複数の事業者と共同で設備更新に取り組みたい工場・事業場型(サプライチェーン連携枠)
空調・ボイラーなど特定の設備1台〜数台だけを更新したい設備単位型(従来枠・GX設備単位型)
化石燃料を使う設備を電気や水素対応の設備に切り替えたい設備単位型(電化・脱炭素燃転型)
エネルギーマネジメントシステム(EMS)を導入して見える化・制御を行いたいエネルギー需要最適化型(工場・事業場型では単独申請可、設備単位型では他区分との組み合わせが必須)

工場・事業場型は、エネルギー管理を一体で行っている工場・事業場を単位として申請する方式です。原則、最大4年間の複数年度事業として計画でき、次の4つの事業区分があります。

  • 先進枠:資源エネルギー庁の技術評価委員会が審査・採択した「先進設備・システム」への更新等が対象です。4区分の中で最も補助率が高く設定されています
  • 一般枠:機械設計を伴うオーダーメイド型設備や、SIIが公表する指定設備への更新が対象です
  • 中小企業投資促進枠:一般枠と同様の設備を対象に、中小企業・小規模事業者向けに要件を緩和した区分です
  • サプライチェーン連携枠:サプライチェーン上の4者以上が共同で立案した設備更新計画を対象とする区分です

設備単位型は、空調・ボイラー・モータなど個別の設備単位で申請する方式です。最大2年間の複数年度事業として計画でき、次の事業区分があります。

  • 設備単位型(従来枠):SIIがあらかじめ定めた基準を満たす「指定設備」への更新が対象です
  • GX設備単位型(メーカー強化枠):GX要件を満たすメーカーが製造する指定設備への更新が対象です
  • GX設備単位型(トップ性能枠):GX要件を満たすメーカーの設備のうち、特に高い省エネ性能を持つ「トップ性能設備」への更新・新設が対象です
  • 電化・脱炭素燃転型:化石燃料を使用する設備から、電気や水素などより低炭素な燃料を使う設備への転換(更新・改造・新設)が対象です

このほか、エネルギーマネジメントシステム(EMS)の導入による見える化・制御を支援する「エネルギー需要最適化型」があります。工場・事業場型では単独でも申請できますが、設備単位型では単独申請ができず、必ず設備単位型(従来枠・GX設備単位型)または電化・脱炭素燃転型と組み合わせて申請する必要がある点に注意してください。

補助上限額・補助率

補助率・補助上限額は、申請型・事業区分ごとに細かく定められています。同じ区分でも中小企業者等か大企業かによって補助率が異なり、区分によっては投資回収年数の要件によって補助率がさらに下がります。以下は2026年度3次公募における、単年度事業として申請した場合の金額です。複数年度事業として申請する場合は上限額の考え方が異なりますので、詳細は公募要領でご確認ください。

事業区分(工場・事業場型)補助率(中小企業者等)補助率(大企業・その他)補助上限額(単年度事業)下限額
先進枠2/3以内1/2以内15億円(非化石転換の場合20億円)100万円
一般枠1/2以内(投資回収年数7年未満は1/3以内)1/3以内(投資回収年数7年未満は1/4以内)15億円(非化石転換の場合20億円)100万円
中小企業投資促進枠1/2以内(投資回収年数5年未満は1/3以内)対象外15億円(非化石転換の場合20億円)100万円
サプライチェーン連携枠1/2以内(投資回収年数5年未満は1/3以内)1/3以内(投資回収年数7年未満は1/4以内)15億円(非化石転換の場合20億円、事業者ごと)100万円
エネルギー需要最適化型1/2以内1/3以内1億円30万円
事業区分(設備単位型)更新/新設補助率補助上限額下限額
設備単位型(従来枠)更新1/3以内1億円30万円
GX設備単位型(メーカー強化枠)更新1/3以内3億円30万円
GX設備単位型(トップ性能枠)更新1/2以内3億円30万円
GX設備単位型(トップ性能枠)新設1/5以内3億円30万円
電化・脱炭素燃転型更新・改造1/2以内3億円(電化する場合は5億円)30万円
電化・脱炭素燃転型新設1/5以内3億円30万円
エネルギー需要最適化型中小1/2以内・大企業1/3以内1億円30万円

複数年度事業として申請する場合や、工場・事業場型とエネルギー需要最適化型を組み合わせて申請する場合は、上限額の考え方が変わります。たとえば工場・事業場型(先進枠等)とエネルギー需要最適化型を組み合わせる場合は、それぞれの上限額の合計が事業全体の上限額になります。正確な金額は、申請予定の区分の公募要領でご確認ください。

※補助上限・補助率・対象経費は公募回により変わります。申請前に最新の公募要領(各実施機関の公式情報)を必ずご確認ください。(本ページ最終確認: 2026-08)

対象となる事業者・要件

補助対象事業者は、次の要件をすべて満たす必要があります。

  • 国内において事業活動を営んでいる法人または個人事業主であること
  • 本事業を実施するために必要な経営基盤を有し、事業の継続性が認められる者であること(導入する補助対象設備の所有者が直近の年度決算で債務超過の場合は対象外)
  • 国内において設置する補助対象設備の所有者であり、その処分制限期間中、継続的に使用する者であること
  • 経済産業省から補助金交付等停止措置または指名停止措置が講じられていない者であること
  • 風俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律に規定する性風俗関連特殊営業を営む事業所ではないこと
  • 成果報告時に、導入した補助対象設備のエネルギー使用量と省エネルギー効果を報告できる事業者であること

年間のエネルギー使用量が原油換算で1,500キロリットル以上の事業者(特定事業者等)は、省エネ法に基づく中長期計画書・定期報告書を提出していることが要件になります。大企業については、2026年度3次公募では、省エネ法の事業者クラス分け評価制度で「Sクラス」または「Aクラス」に該当する事業者など、一定の条件を満たす場合のみ対象事業者となります。自社が該当するかどうか不明な場合は、断定せずSIIまたは専門家にご確認ください。

  • 新たに事業活動を開始する新設の事業所へ新たに導入する設備は、原則対象外です(エネルギー需要最適化型を除く)
  • 既存の事業所において新たに設備を追加する増設は、原則対象外です(エネルギー需要最適化型を除く)
  • 事業活動に供していない設備を更新する事業は対象外です
  • 専ら居住を目的とした事業所や居住エリアにおける設備更新・新設は対象外です
  • 発電量の5割以上を売電する発電設備の新規導入は対象外です

補助対象経費

補助対象経費は、事業区分に応じて設計費・設備費・工事費の全部または一部です。原則として3者以上の販売事業者からの見積り取得による価格競争を行った結果の最低価格が上限になります。

  • 設備費:補助事業の実施に必要な機械装置の購入・製造(改修を含む)に要する経費
  • 設計費:補助事業の実施に必要な機械装置・建築材料等の設計費、システム設計費等(主に工場・事業場型、エネルギー需要最適化型が対象)
  • 工事費:補助事業の実施に不可欠な工事に要する経費(電化・脱炭素燃転型では中小企業者等のみが対象)
  • 補助金の交付決定前に発注・契約した設備等にかかる経費は対象になりません
  • 建屋等の建築物・外構工事に係る経費、既存設備・システムの解体・撤去・移設に係る経費は対象外です
  • 消費税及び地方消費税は対象外です
  • SIIが補助対象外と判断した機器、設備、構造物、基礎工事等に係る経費は対象外です

スケジュール(3次公募)

2026年度3次公募のスケジュールは、単年度事業の場合、次のとおりです。

項目期間・期限
公募期間2026年8月20日(木)〜9月28日(月)17時必着
交付決定2026年11月下旬予定
事業実施期間交付決定後〜2027年1月31日(日)まで
実績報告事業完了日から30日以内または2027年2月5日のいずれか早い日
補助金の支払い2027年1月末〜3月末

単年度での実施が難しい大規模な事業は、複数年度事業として申請することもできます。工場・事業場型は最大4年間、設備単位型は最大2年間の事業期間を設定できます。なお、この記事の基準時点では、3次公募の次にあたる4次公募の実施予定は確認できていません。次回公募の有無は、SIIの特設サイトで随時ご確認ください。

申請の流れ

1

公募要領の確認・事業計画の立案

SIIホームページで公募要領・様式をダウンロードし、どの申請型・事業区分に該当するか、設備投資の内容と省エネ効果の見込みを検討します。

2

補助事業ポータルのアカウント登録

SIIホームページからアカウント登録を行うと、電子メールで補助事業ポータルのユーザ情報が届きます。

3

見積りの取得

原則3者以上の販売事業者から見積りを取得し、価格競争を行います。特定メーカー・機種を指定しての見積り取得が認められるケースもあります。

4

補助事業ポータルへの入力・申請書類の作成

補助事業ポータルに必要事項を入力し、交付申請書等の申請書類を出力します。指定様式・自由様式の添付書類もあわせて準備します。

5

申請書類一式の郵送

作成した申請書類一式をファイリングし、配送状況が確認できる方法(書留等)でSIIへ郵送します。持参での提出は認められていません。

6

審査・交付決定

SIIが申請内容を審査し、必要に応じて個別ヒアリングを行った上で採択・交付決定を行います。3次公募の交付決定は2026年11月下旬が予定されています。

7

契約・発注・設備導入

交付決定後に契約・発注を行い、計画に沿って設備の導入や工事を実施します。交付決定前の発注は補助対象外になるため注意が必要です。

8

中間報告・中間検査

着工前写真の提出や口座登録などの中間報告を行います。必要に応じてSIIによる中間検査が実施されます。

9

事業完了・実績報告

既存設備の撤去、新設備の設置・検収、補助対象経費の支払いが完了した日が事業完了日です。事業完了後、実績報告書を作成・提出します。

10

確定検査・補助金の受給

SIIによる書類検査・現地調査等の確定検査を経て確定通知書が発行されます。精算払請求書を提出し、補助金が支払われます。

申請前に押さえたいポイント

省エネ効果の算定・エネルギー使用実績の準備に時間がかかります

申請には、原油換算量ベースでの省エネルギー率や投資回収年数の算定、既存設備のエネルギー使用実績など、専門的な計算と資料が必要です。公募締切の直前に準備を始めると間に合わない可能性があるため、早めに検討を始めることをおすすめします。

交付決定前の発注・契約は補助対象外です

工場・事業場型・設備単位型のいずれも、原則として交付決定日より前に行った発注・契約・支払いは補助の対象になりません。ただし、3者以上の見積り依頼・競争入札そのものは、1次公募の公募要領公開日(2026年3月25日)以降であれば交付決定前でも有効です。見積り取得と本発注のタイミングを混同しないよう注意してください。

大企業は事業者クラス分け等の追加要件があります

3次公募では、大企業が対象事業者となるのは、省エネ法の事業者クラス分け評価制度でSクラスまたはAクラスに該当する事業者など、一定の要件を満たす場合に限られます。自社が該当するかどうかの判断に迷う場合は、断定せずSIIまたは専門家にご確認ください。

設備単位型のエネルギー需要最適化型は単独申請できません

EMS(エネルギーマネジメントシステム)の導入のみを検討している場合、設備単位型の枠組みでは単独申請ができず、工場・事業場型で申請する必要があります。設備更新とあわせてEMSを導入したい場合は、組み合わせ申請が可能です。どちらで申請すべきか迷う場合は、事前にSIIまたは専門家にご相談ください。

注意点

  • 補助金の交付決定前に発注・契約・支払いを行った経費は、補助の対象になりません。
  • 公募における交付申請額の合計額が予算額を超える場合、総合評価の結果、不採択となることがあります。
  • 2次公募の採択結果により、3次公募の予算額が変動する場合があります。
  • 提出書類に不備・不足がある場合、原則として申請を受理されません。申請書類は返却されないため、必ず控えを保管してください。
  • 本記事は2026年8月時点でSIIが公表した「令和7年度補正予算 省エネ・非化石転換補助金 公募要領<3次公募用>」(工場・事業場型/設備単位型)に基づきます。実際の公募要領は変更される場合がありますので、申請前に必ず最新の情報をご確認ください。

よくある質問

Q工場・事業場型と設備単位型のどちらに申請すればよいか迷っています。

工場・事業場全体で複数の設備を大規模に更新し、事業場単位で高い省エネ効果を目指す場合は工場・事業場型を、エアコンやボイラーなど特定の設備を更新・新設したい場合は設備単位型を検討するのが基本的な考え方です。ただし実際の要件は細かく分かれているため、迷う場合はSIIまたは専門家への確認をおすすめします。

Q中小企業ですが、どの区分が有利ですか。

工場・事業場型では中小企業投資促進枠、設備単位型では従来枠やGX設備単位型が中小企業でも申請しやすい区分です。補助率は区分によって異なるため、投資回収年数の見込みとあわせて比較検討することをおすすめします。

Qエネルギー需要最適化型(EMS導入)だけを申請できますか。

工場・事業場型の枠組みでは、エネルギー需要最適化型を単独で申請できます。一方、設備単位型の枠組みでは単独申請ができず、設備単位型(従来枠・GX設備単位型)または電化・脱炭素燃転型と組み合わせて申請する必要があります。

Q申請すれば採択されますか。

採択されるとは限りません。本補助金は審査を経て採択の可否が決まる制度で、公募における交付申請額の合計が予算額を超える場合は、総合評価の結果、不採択となることがあります。事業計画の内容や省エネ効果の見込みを十分に検討したうえで申請することが重要です。

Q交付決定前に設備を発注してしまった場合はどうなりますか。

交付決定前に発注・契約・支払いを行った経費は、補助の対象になりません。見積り取得自体は、1次公募の公募要領公開日(2026年3月25日)以降であれば交付決定前でも有効ですが、本発注は必ず交付決定後に行う必要があります。

Q他の補助金と併用できますか。

同じ補助対象経費について、本補助金と他の補助金等を重複して受けることはできません。ただし、地方公共団体の一般財源による補助金等との併用や、中小企業経営強化税制との併用は認められています。判断に迷う場合はSIIまたは地方公共団体にご確認ください。

Q申請は自社だけでもできますか。専門家に依頼するメリットはありますか。

自社での申請も可能な制度ですが、申請型・事業区分の選定、省エネルギー量や投資回収年数の算定、多数の提出書類の整備など、専門的な判断が必要な場面が少なくありません。行政書士法人クロノスでは、事業計画の整理から申請書類の準備まで、あわせてサポートしています。

省エネ補助金の活用をお考えの方へ

行政書士法人クロノスは石川県かほく市の事務所です。省エネ・非化石転換補助金は申請型・事業区分が多く、省エネ効果の算定や書類準備に専門的な知識が必要な制度です。自社に合った区分の選定から申請書類の準備まで、あわせてサポートいたします。